Βάζουμε το ρύζι σε μπολ γεμάτο με νερό και το αφήνουμε να μουλιάσει για 20 λεπτά. Σε μεγάλο τηγάνι σε χαμηλή προς μέτρια φωτιά ζεσταίνουμε το ελαιόλαδο και σοτάρουμε τα κρεμμύδια για περίπου 15 λεπτά, μέχρι να ροδίσουν. Κατόπιν προσθέτουμε το νερό. Στραγγίζουμε το ρύζι και το ρίχνουμε στο τηγάνι. Αλατοπιπερώνουμε, ανακατεύουμε καλά και αφήνουμε να πάρει την πρώτη βράση. Στη συνέχεια κατεβάζουμε σε χαμηλή φωτιά και σιγοβράζουμε για 10 λεπτά. Προσθέτουμε τις φακές κι ανακατεύουμε. Από τη στιγμή που θα πάρει την πρώτη βράση, αφήνουμε να σιγοβράσει για άλλα 15 λεπτά μέχρι να απορροφηθούν όλα τα υγρά, χωρίς να ανακατέψουμε το φαγητό. Σερβίρουμε το φακόρυζο κρύο ή ζεστό. ​